Група методи ідентифікації білків і регуляторні сайтів на ДНК. В footprinting dimethylsulfate (DMS), наприклад, до кінця маркується фрагмент ДНК частково метильованих в гуанідину залишків з DMS, то піддаються структурні і регуляторні білки. Матеріал electrophoresed на polyacrylamide-denaturing гель для розділення фрагментів, що метильованих в білка і регуляторні послідовності (і більше не буде пов'язувати) від тих, що метильованих лише в іншому місці і буде менш мобільного зв'язку з прив'язками білка. Гель дві смуги потім eluted і відколів з piperidine на метильована сайтів. Порівняння розщеплення сходи з двох препаратів покаже унікальні смуг, завдяки Метилювання та розщеплення на залишків у юридично матеріалів, які були необхідні для прив'язки. Захисту footprinting фрагмент ДНК, з і без прив'язування білка піддається розщеплення в юридично областях, наприклад, у , часткова Метилювання і розщеплення по piperidine. Матеріал розділені на секвенування гель і сходи білок пов'язані підготовку покаже розрив (газу) в його послідовність, де обов'язково білка, в порівнянні з сходи з 'голі' ДНК. Захисту footprinting може застосовуватися до недоторканою клітин і в порівнянні з голий ДНК в пробірці як елемент керування. В цьому випадку, ліганд опосередкованої ПЛР використовується, щоб маркувати і посилювати бажане ділянки ДНК. Інші методи розщеплення знаходяться за DNase а гідроксильних радикалів (OH ).