З початку рекомбінантні грибкових біотехнології, дріжджі пивні дріжджі були найбільш часто використовуваних приймаючої організму для виробництва heterologous білків. Більшість розробок грибкових біотехнологія здійснювалися на роботу з цього організму.

В останні роки, інші види дріжджів, таких як Kluyveromyces lactis, Hansenula мінлива та звичайні Pichia, стали доступні для додатків з рекомбінантні білки. Що цікаво, у деяких випадках, дріжджі не в змозі виразити еукаріотичних генів, що кодують білки, які вимагають posttranscriptional модифікацій (наприклад, glycosylations). На відміну від ниткоподібні гриби в змозі синтезувати деякі ці білки повністю функціональної форми. Simultaneous з розвитком молекулярної генетичних методів і гена переказів дріжджів, можна порівняти системи були створені для ниткоподібні гриби, роблячи можливим штам поліпшень. Протягом десятиліть, як великих виробників у фармацевтична, харчування та харчової промисловості, веде до високих стандартів технічної в бродіння з великомасштабні ферментера були використані Filamentous грибів. Це, разом з тим, що багато ниткоподібні гриби мають GRAS, ("взагалі визнана безпечною," термінології США. Харчових продуктів і медикаментів) статус, робить їх ідеальними організми для виробництва рекомбінантні білки.

Багато ниткоподібні гриби зі статусом GRAS стандартний організми для великомасштабних бродіння, можливість виділяють велику кількість білків і тому є ідеальним приймаючої організми для виробництва рекомбінантні білки. Додані в цій категорії, Aspergillus niger, Aspergillus oryzae, Acremonium chrysogenum, Penicillium chrysogenum і Trichoderma reesei, серед інших.