Тип маркера ДНК, породжених травлення геномної ДНК з двох обмеження ферменти для створення багатьох фрагменти ДНК, лігування певної послідовності ДНК (називається адаптери) в кінці цих фрагментів, посилення фрагментів ПЛР (за допомогою набору грунти послідовності, які відповідають адаптерах, а також різних випадкових комбінацій з трьох додаткових баз в кінці)і Візуалізація фрагментів через гелевого електрофорезу. ПЛР буде посилювати будь-який фрагмент, чиї послідовність відбувається, щоб почати з будь-яким набором грунти, послідовностей три бази. AFLPs є важливою перевагою, що може бути багато маркерів генеруються з відносно невеликим зусиллям. , Вони є дуже корисним засобом кількісної оцінки ступеня генетичного різноманіття всередині і між населення. Їх основним недоліком є те, що вони не характерні для певної ділянки і, тому що вони забили як наявності або відсутності групи, heterozygotes не можна відрізнити від homozygotes, тобто, вони успадковуються в домінуючу моди.